两种。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。一旦确诊肛瘘，须尽快手术治疗。
肛瘘的原因有：肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。或者是直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
肛瘘有两种，一种是普通肛瘘，另一种是高位肛瘘。普通肛瘘会在局部摸到包块、索条，会反复的破溃，流脓或者流血。高位肛瘘，没有流脓、流血，也摸不到包块，但是平时会有下坠感。
可将瘘管切开术，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下，切开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。