肛周囊肿感染是引起本病的主要原因，因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围囊肿。
肛周脓肿是一种急性感染性疾病，确诊之后须及早治疗。初期炎症浸润，尚未化脓时，可局部外敷药物、坐浴热敷配合抗生素治疗，一旦成脓，早期手术治疗是唯一有效的治疗方式，采取正确的手术方式可一次治好，不后遗肛瘘。
肛周脓肿绝大部分直肠肛管周围脓肿由肛腺感染引起，另外，直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
肛周脓肿发生的原因，最常见的就是肛窦的炎症，反复的发作不愈导致的，病人应该有反复的肛周疼痛，或者排稀便以及局部红肿的病史。形成脓肿的时候，病人还会伴有发热，甚至出现寒战和高热。也有一些病人是继发于外伤之后，尤其是肛周有异物残留，并发了感染，也会形成肛周脓肿。
因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围脓肿。
肛周囊肿即直肠肛管周围脓肿，是指直肠肛管组织内或其周围间隙内的感染发展成为囊肿，多数囊肿在穿破或手术切开引流后形成肛瘘囊肿是直肠肛管炎症病理过程中的急性期，肛瘘是慢性期。