找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。肛瘘手术时，应明确诊断。查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环。以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病。所以要去正规的肛肠医院治疗，及时手术。
肛瘘最主要的治疗办法是进行手术，由于属于一种慢性感染性疾病，治疗周期比较长，很容易出现复发，通常是由于急性肛周脓肿，没有得到及时或者有效的治疗转变而来的，也有一些是患有肠道的慢性炎症性疾病，出现了肛周的反复的瘘口，手术以后，换药也非常关键，注意局部卫生，坚持坐浴。
存在肛瘘这种疾病，尽快的早期手术。肛瘘可以大致分为两种，一种是低位的简单肛瘘，这种肛瘘可以通过手术直接把瘘道切开，然后处理内口，伤口愈合彻底，这种病就可以彻底的治疗好。
肛瘘的治疗方法可以选择微创技术。HCPT微创无痛技术融入了高新技术，HCPT微创无痛术治疗系统的最大特点，就是手术病人不出血、痛苦小。避免后遗症和并发症，杜绝复发。原理应用特点：高频治疗，仪器自动鸣音提示，解决目前人为时间设定的技术难题，检查系统由计算机控制，图像清晰诊断准确，可冻结、储存、回放、放大分析、测量计算等。适用于肛瘘、肛裂、痔疮、肛周脓肿及息肉等各类肛肠疾病的检查治疗。
肛瘘可以做瘘管切开术，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下，切开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。挂线疗法，是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。此法还具有操作简单、出血少、换药方便，在橡皮筋脱落前不会发生皮肤切口黏合等优点。