导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
其实引起肛瘘的原因还是比较复杂的，主要的原因可能还是人体的抵抗力下降，人体的抵抗力一旦下降以后，这地方的屏障作用就下降了，细菌就会叫乘虚而入，就经过这些缝隙，跑到肛门周围。
整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，经久不愈。发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂，肛瘘是指肛门周围的肉芽肿性管道，由内口，瘘管，外口三部分组成。内口常位于直肠下部或肛管，多为一个。
症状可能是痔疮引起的，与便秘有关，痔疮分为内痔和外痔，平时多吃蔬菜水果，预防便秘，可到医院肛肠科确诊一下。饮食不节：如食用辛辣刺激食物、过量饮酒或食用海鲜导致腹泻，长期反复的腹泻引起局部感染，蔓延至肛门周围，形成肛瘘；2、病人有基础疾病：包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；传染性疾病如结核，感染结核杆菌后，引起肛周病变；传染性的性传播疾病。
肛瘘是肛门裂反复感染可并发皮下瘘。外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。