手术肯定是疼，只是在做手术当时是不会疼的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉。
肛周脓肿这种疾病，手术的时候都会有疼痛的感觉，尤其是在局部麻醉下，这种症状会更加明显。因为肛周脓肿多数都是属于发生于齿状线的下方，另外感染之后，脓腔的张力也比较大，疼痛的症状也非常明显。另外也可以选择硬膜外的麻醉或者骶管麻醉，在下手术效果比较好，并且病人疼痛的症状很轻微，甚至没有疼痛的感觉。病人在手术以后，随着麻醉药物作用的代谢结束，痛觉也会逐渐的恢复。
肛周脓肿的疼痛可以使用止痛药。这种疼痛的止痛药有口服的，也有肌注的，这些止痛药的作用仅仅是止痛，而且有时间性，时间长了，药性过了就不起作用了。所以，肛周脓肿的疼痛，还需要及时治疗肛周脓肿的疾病。
肛周脓肿会引起睾丸疼痛的，是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，疼痛可能还是炎症刺激造成的，也有可能脓肿在会阴处，所以疼痛会严重，去医院检查，抗感染治疗。
肛周脓肿伤口用酒精消毒是很疼的，肛周脓肿伤口用碘伏消毒，具有抗感染的作用。另外，注意饮食清淡多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，不要吃辛辣，刺激性的食物。平时多加运动，提高自身免疫力。
肛周脓肿及肛瘘手术都是会打麻醉的所以术中的时候是不会感觉到疼痛的，不用太过于担心。二者主要表现在术后早期及换药的时候疼痛比较厉害，疼痛程度二者基本差不多，如果不能忍受可以使用止痛药。