因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染，腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。大便干燥硬结，在排便时易擦伤肛隐窝引起肛周感染，腹泻日久，也可刺激肛隐窝发炎，稀便也易进入肛隐窝，诱发肛周感染，因此防治便秘和腹泻对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义。
肛瘘的病人应注意肛门部清洁卫生极为重要，应经常用温水泡洗肛门，最少每晚要洗一次。一则可保持局部清洁。二则可改善肛门部血液循环，增强抵抗力，减轻炎症反应。一般可用温盐水进行相关的肛痿的护理。肛痿发炎化脓时，如外口闭塞，可用消毒的针头挑破外口，排出脓液，既可减轻胀痛，又可预防脓液向其他部位蔓延。同时可用清热解毒的中药煎汤外洗。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
如果存在肛瘘这种疾病，一定要少吃辛辣刺激性的食物，少饮酒，因为辛辣刺激性的食物经常会刺激，导致肛瘘的内口张开，进入致病菌很容易导致瘘管的感染，导致肛瘘的发作，会有疼痛、脓性的分泌物流出，会很痛苦。
严重。不尽早治疗不仅给工作和生活造成不便，而且较长病程的肛瘘还有可能会形成直肠狭窄，导致排便困难，给患者造成很大的精神负担。个别的长时间的病例还有癌变的可能性。