肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。
可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
肛瘘的典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘的症状一般是瘙痒流脓，出现肛瘘问题之后要及时去医院进行治疗，肛瘘应多食清淡并含有丰富维生素的食物，如冬瓜、丝瓜、绿豆、萝卜等。经久不愈的肛瘘多属虚型，肛瘘的饮食上应食含有丰富蛋白质类等食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇、大枣、芝麻。另外，虚证防治食物还有木耳、香菜、韭菜、茄子、菱、藕、茴香、荔枝、鸡、羊肉、无花果等。
肛瘘非手术不能治好。其传统手术常见的有瘘管切开术、肛瘘切除术和挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养。