肛门闭锁的发生是正常胚胎发育期发生障碍的结果。目前治疗的方法有很多种，其手术方法有等多种术式，如：Nicolai一Rehbein的改良手术，或Stephens的骶会阴肛门成形术及Pena的后矢状入路肛门成形术等各有其特点，效果也各异。另外肛门闭锁术后护理非常重要。术后最常见的问题是肛门狭窄。伤口愈合会使肛门越来越小，需要进行扩肛治疗。
婴儿先天性肛门闭锁可以进行治疗，但只能通过手术治疗。此外，肛门闭锁分为几种类型。具体应该据当时检查的医生来判断。因此，医生应该积极配合治疗。这种疾病是畸形中最常见的疾病，所以不必感到太悲伤。
可采用腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形。腹腔镜下肛门成形术等很多种。
可采用腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。这种情况孩子先天性肛门闭锁手术后肛门失禁，需要注意肛门清洁卫生，饮食清淡规律。
先天性肛门直肠畸形占小儿消化道畸形之首位，一般采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式。或是尾路肛门成形术，腹会阴肛门成形术等。根据MRI的临床分类制定不同的手术方案。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，其治疗原则是为了改善术后排便控制功能，避免生命危险。本病的治疗主要是手术，如只有肛膜遮盖者，可行前后纵切口或十字切开，将薄膜剪去，再用食指伸入扩张，如有纤维带者。