肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻度肛瘘的症状有流脓，疼痛，瘙痒，排便不畅等症状，在日常生活中如果不注意饮食的健康经常劳累过度，身体就会出现这样那样的疾病，特别是肛瘘的出现，使得很多病人感到十分的痛苦，而且该疾病一定要手术才能够治疗为此病人一定要有心理准备。
肛门口周围流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛门口周围有肿块。
肛瘘常有肛周脓肿自行破溃或切开引流史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘的外口，日后自外口反复流出少量脓性分泌物和粪水，污染内裤，由于分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者发生湿疹样改变。外口可暂时封闭。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。