直肠炎可依照病情口服、肌注或静滴抗生素，可以用一些中药调理，予以清热解毒、润肠通便。直肠粘膜水肿者，可用生理盐水灌洗直肠。注意休息清淡饮食，进少渣、营养丰富、无刺激性的食物。
中药治疗直肠炎。慢性直肠炎急性发作时，予以清热解毒、润肠通便。里急后重，便次多者用导滞丸清理荡积，在病症的慢性阶段，如果有体虚无力的症状出现，就可以以排出粘液为主要的应对措施。
从直肠炎的发病症状可以将直肠炎分为慢性直肠炎和畸形直肠炎两种。患直肠炎主要是体质虚弱，免疫低下的人群。对慢性直肠炎病人要适当的休息，进食要清淡、少渣、营养丰富、无刺激性，并做到心情愉快，劳逸结合。慢性直肠炎急性发作时，予以清热解毒、润肠通便；里急后重，便次多者需要清理荡积，直肠粘膜水肿者，可以灌洗直肠，对于粘膜糜烂者、括约肌、肛提肌痉挛者、直肠粘膜萎缩变干者等，要根据不同的症状给予不同的治疗。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。