肛周囊肿可以手术切开来进行治疗。肛周脓肿会引起肛瘘，术后饮食要合理调配饮食，多食蔬菜，水果和纤维素多的食物，少食辛辣刺激的食物。养成定时排便的习惯，避免蹲厕时间过长。
低位的肛周脓肿术后刀口完全愈合需要一个月左右，期间要经常换药，要安排好时间。一般是术后一周多要每天便后换药，以后可以隔天一次，再以后隔两天一次，间隔时间根据刀口愈合情况而定。以确保刀口顺利愈合，预防肉芽组织增生过长或者肛门狭窄等情况发生。
肛周囊肿的主要症状为，肛门周围有一肿块，轻微疼痛，或感肛内刺痛或坠胀作痛，慢慢疼痛加剧，肛门周围肿块增大，红肿触痛，比较硬，并且伴有不同程度的发热，倦怠，食欲不振。出现这些症状之后要到医院检查并治疗。
常见的肛周囊肿有这三种，骨盆直肠窝脓肿又称骨盆直肠间隙脓肿，较为少见，但很重要。直肠后间隙脓肿属于肛提肌以上深部脓肿，坐骨直肠窝脓肿。治疗措施：少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛。其他症状：部分出现大小便不畅、纳差、失眠。诊断依据：肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧。