肛周脓肿会出现肛周局部红肿症状，伴有强烈的疼痛感觉，而且疼痛呈持续性，与体位和排便无关，若疼痛症状严重，甚至可以引起排便和排尿困难。严重的肛周脓肿炎症细胞入血，白细胞显著升高，还可以引起全身发热症状。
肛门周围突起一硬结肿块，并逐渐增大，时间长了有的可自行破溃。疼痛为肛周脓肿最常见的症状，为逐渐加重的持续性肿痛或跳痛。肛周脓肿病患，局部会出现红肿并伴有发热现象，常为低热，有时可出现高热。
肛周脓肿的最初症状主要表现为红肿、疼痛发热等，在未形成脓液时可以应用抗生素药物治疗，以及局部热敷，如已形成脓液则需切开引流换药治疗，可考虑进行彩超检查或无菌注射器穿刺以判断是否形成脓液，保持肛周清洁卫生，忌辛辣刺激性食物。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。