肛周囊肿不主要治疗手段其实还是手术，在手术过程中除了要充分切开脓腔来达到脓液引流外，还要进行有效、精准的去探查引起脓肿发生的感染源头，也就是说脓腔的脓肿引起的内口。手术完成之后，还要在专科医生以及护士指引下进行比较充分良好的换药，才能够有效避免其复发。
肛周囊肿，经过手术后很多病人会反复发作，经久不愈。如果复发可以考虑再次手术，术后要注意护理，采用抗感染治疗，对症支持疗法，保持心情舒畅，做到乐观豁达，及时排解自己的不良情绪。
感染是引起本病的原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。还有某些疾病如溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围囊肿。医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。内痔插枯枝丁疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿。
肛周脓肿是肛肠外科三大疾病之一。发病比较急，症状比较严重，一般会出现红肿热痛，四大临床症状。肛周脓肿规范治疗，首选是手术治疗，一般不主张药物治疗。如果肛周脓肿不进行治疗，结局第一个就是破溃流脓，形成肛瘘。
用电刀和电镊即可。放射状或弧状电刀切开脓腔，并彻底打开各个分隔，同时尽量清除坏死组织，电镊进行有效止血，避免结扎线，防止脱落后残留体内形成窦道；若切开引流，治疗方法和瘘管基本相同。
肛周囊肿好了后，要注意局部保持干燥，平时多注意个人卫生，坚持每次大便后用水冲洗，勤换内衣多注意观察。饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，保持愉快的心情，不要熬夜。