肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
该病应是肛周脓肿。治疗肛周脓肿，必须切开引流而且，需要完全充分暴露创面，同时促进伤口愈合才可以的。一般治疗可以口服药物，或者进行必要的消炎也是没有作用和效果，而且需要避免直接压迫摩擦情况出现，同时手术需要彻底恢复一个月时间。
医治肛周囊肿可以进行手术医治，恢复时间一般是一个月时间，平时要保持局部清洁与卫生，清淡流汁饮食，保持大便的通畅，还要注意休息，不要熬夜，养成良好的生活习惯，平时要多注意喝水。
肛周囊肿程度比较轻，可以通过注意休息坐浴，局部周围热敷，可以进行较快的缓解，如果肛周脓肿比较严重，需要进行手术治疗。肛周囊肿严重就切开引流。忌辛辣刺激忌酒，可消炎药物坐浴，按时休息，避免久蹲久坐，保持大便通畅。
轻微肛周囊肿如果程度严重，经过治疗，一般至少一个月左右的时间才能坐行自如了，但也因每个人的情况而异，年龄、身体素质、病情严重程度、有无并发症、是否合并其他疾病等这些因素会影响恢复时间。