小儿肛周脓肿的治疗以手术治疗为主，宝宝太小可以先进行药物等保守治疗法，先用相应的软膏进行消肿拔脓，让炎症消退，如果护理得当，只要不频繁复发就不要紧，但是如果频繁复发，就需要手术切除掉。
局部切开排脓术：等到形成肛瘘后则需要进行二期手术，如果脓肿的位置较深，此时就需要考虑采用局部切开排脓的方法。肛门脓肿一次性治疗手术：不仅仅适用于脓肿位置较浅者，一般经验丰富的医生，已将肛门脓肿一次性治疗手术，应用于几乎所有的肛门脓肿的治疗。
如果脓肿表面出现破裂，并且有脓液流出，应该及时进行处理。肛周脓肿这种病的治疗办法是切开引流，但是应该在麻醉的支持下，可以根据需要选择局部麻醉、硬膜外麻醉或者骶管麻醉。
小孩肛周脓肿建议及时就诊，通过抗感染进行治疗。
小孩的肛周脓肿如果发病时间比较短，还没有形成明确的脓腔，这种情况下一定要积极的就诊，通过抗感染治疗，因为小孩一般不使用药物治疗，所以建议静脉输注抗生素，或肛周脓肿表面涂抹抗生素。如果小孩的肛周脓肿已经明确形成脓腔，建议积极的手术治疗。一般可以做肛周脓肿切开引流术。
肛周脓肿是因直肠炎症等蔓延到周围形成是一个浓腔，脓液较少时可以通过大剂量的消炎药治疗，但脓液较多时应该要切开引流，并且要大剂量，长时间用消炎药治疗（一般7-10天）。肛周脓肿如果不及时处理，浓腔破溃后就发展形成肛瘘，肛瘘治疗就相对复杂了，所以建议在医生的指导下消炎治疗，如果浓液太多没法控制，要尽快切开引流。