首先要进行抗生素抗感染治疗，多选用对细菌有效的抗生素，进行抗感染治疗。还可以进行温水坐浴、局部理疗，可以缓解疼痛。饮食方面需要注意，多吃水果、蔬菜，可以减轻排便时候的疼痛感。
正规三甲以上医院肛肠科检查一下，可以做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因对症治疗。如果刚开始。局部清洗后可以涂抹药膏等药物治疗。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物，保持大便通畅。
表浅脓肿可选择口服抗生素。对范围相对大的脓肿需联合用药，抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，待瘘管形成，内口明确，再行手术。为进一步减少手术创伤，可用双向等压引流手术治疗，术中用半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环。
当输液治疗效果不佳可以考虑手术治疗，肛周脓肿时间长了可能会形成肛瘘，肛瘘除了手术一般没有什么办法可以治疗，要及时消炎治疗，防止感染扩散。给予相应的抗生素口服治疗。注意避免触摸，避免进水，局部要使用碘伏消毒处理。必须注意合理的休息和必要饮食的调理。
肛周脓肿的治疗方法就是手术治疗，这是快速痊愈的直接办法，平时主要不要熬夜上火，保持大便通畅，多吃清淡易消化的食物；多吃富含优质蛋白的食物。不要吃辛辣煎炸油腻饮食。
囊肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。囊肿形成时，即应手术引流。囊肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。在囊肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。