肛瘘的常见症状主要是间断性肛周肿痛及破溃流脓。间断性肛周肿痛，是由于肛瘘外口引流不畅或者暂时封闭以后，瘘道内存在感染，导致局部肿痛。当肿痛到达一定程度后，就会出现外口破裂，继而使脓液引流，病人的症状逐渐减轻。由于没有解决肛瘘的内口和窦道，会经常出现局部肿痛及破溃流脓。由于经常发作，有时候会出现外口引流不畅，这时局部感染以后可能向周围蔓延，会形成多条瘘管。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘症状是瘘外口流出少量脓性、血性、粘性分流为主要症状，较大的高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出，由于分泌物的刺激使肛门潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显的疼痛，同时可伴有发热、寒颤，乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流以后，症状缓解。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘症状有局部红肿、疼痛、流脓、骚痒或湿疹，严重的还会出现发热的症状。发现症状要及时去医院检查，如果病情严重，需要手术治疗。多吃清淡富含营养的食物，不要吃油腻的食物。