可以到正规医院肛肠科就诊检查，明确诊断再治疗。要彻底治疗肛瘘，手术是好的办法。一般常用挂线及切除的方法。要相信科学，不要乱吃、乱用药、不要使用偏方治疗，避免病情加重。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘是肛腺感染引起的，多由肛周脓肿破溃发展而来。肛瘘一旦确诊，应该在充分准备后及早手术治疗。病情越轻，创面越小，术中并发症越少，术后恢复越快，术后复发率越低，手术效果越好。术前应该充分完善相关检查，排除结核性肛瘘和克罗恩病性肛瘘。术后要注意保持肛周创面清洁，避免创面局部刺激，保持大便顺畅，避免腹泻便秘，避免刺激性饮食。
一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。