临床上肛周脓肿挂线疗法，绝大多数的肛周脓肿切开引流术后都会形成肛瘘，所以，在临床上很多医生采用的是肛周脓肿切开引流术再加上挂线术，一次性的把脓肿切开引流，于肛窦内口至切开引流口挂线，可以使肛周脓肿完敞开，而且引流更加的通畅，避免二次肛瘘手术带来的痛苦。
肛周脓肿的治疗应根据不同情况选取不同的方法，中药治疗方法包括：在未成脓阶段，以消为主，通过清热解毒、软坚散结的药物使脓肿尽快消散；在成脓阶段，通过托的方法，包括补托法、透托法，使脓液尽早排出、排净，达到目的；在后期阶段，以补为主，通过补益气血，促进局部生肌长肉，尽早愈合。
肛周脓肿和肛瘘实际上是疾病的两个过程。只要诊断清楚，肛瘘和肛周脓肿都可以通过手术治疗。手术后应及时更换敷料。主要目的是保持创面引流通畅，避免复发。平时，应该注意用中药清洗，保持创面清洁。
如果进行性增大，形成痈，则应该就医进行局部切开引流，避免反复或加重，同时避免不良的接触和刺激，防止烟酒熬夜劳累受凉，调整好心态，避免压力过大，逐渐地改善减轻。
肛周脓肿，进行手术处理，可以进行脓肿切开引流，术后按时的换药消毒，并且填塞油纱，预防伤口的皮肤先愈合，这样逐渐从脓肿腔的底部长平了，避免长期久坐，避免吃辛辣的食物都有利于康复的。