肛瘘术后应注意饮食卫生，忌辛辣刺激性食物，多吃富含纤维素丰富的食物和清淡易于消化的食物；保持大便通畅，养成良好的排便习惯，不等不忍；坚持便后坐浴；常做提肛运动；若出现肛门肿痛、肛周分泌物、大便出血过多、发热等症状。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘术后拉屎流血，会发现大便量很少，里面可能还夹有很多暗黑色像血块一样的东西，可能是手术过程中流到肠腔里积存下来的陈旧性血块，都是正常现象。如果还伴有少量新鲜血液，也是正常的，因为肛瘘手术切口都是不缝合的，创面呈开放性，在用力解大便的时候创面用力拉扯，再加上大便对于创面的摩擦，有少许创面渗血，都是正常现象。