对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
肛周脓肿，多需手术切开引流。如感染未形成脓肿时，可采用非手术治疗，例如中药熏洗、坐浴，还可以局部理疗，不要吃辛辣刺激性强的食物，多吃新鲜蔬菜和水果，低盐低脂，饮食多喝热水适当的锻炼。
肛周脓肿通过保守治疗是无法完全的，只有通过手术才能，如果目前已经检查确诊，那首先可以服用或者青霉素类消炎药。另外可以进行坐浴处理，平时要保持大便通畅，然后等炎症改善以后，通过手术切开引流，术后按时换药消毒，脓肿腔填塞油纱，这样才能逐渐愈合恢复。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。