肛瘘的治疗以手术为主。首先要明确肛瘘在那些部位，是单纯性或者复杂性肛瘘，才能明确治疗方案。目前常规的方式是手术疗法。目前有中西医结合治疗，药物压缩疗法治肛瘘不开刀，是一种较好的方式。
治疗肛瘘最先进的办法是到正规医院检查并治疗，PPH微创术，是一种几乎无创伤的治疗方法，采用的是“下病上治”的治疗方式，在保留肛垫组织下，消除了肛肠疾患发生的根源，避免复发，是世界肛肠手术的前沿技术。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。