肛周囊肿可以采取手术治疗，饮食上应以清淡并含有较多纤维素的食品为宜，如菠菜，芹菜，冬瓜，丝瓜，南瓜，绿豆，黄豆，油菜，黄花菜，海带，萝卜等。均有清热解毒的功效，能缓解肛肠肿痛，流脓流水等特征。
可以适用中药调理，中药副作用相对比较少，与术后炎症没有关联，中医诊断考虑为脾胃湿热引起的肛周脓肿。肛周囊肿的表现需要注意积极的使用手术进行切除为好的。尽量的注意不要最近有感染的现象出现，多吃些清淡食物。
肛周囊肿治疗主要采用手术方法。位于肛门口或者肛周皮下的囊肿，可以选择切开，并且要仔细地分离病变，避免残留。手术以后还需要抗感染治疗，在围手术期应该叮嘱病人流质饮食，避免形成干质的粪便，以免导致局部的污染。治疗是定期进行换药，注意局部卫生。
肛周囊肿引起细菌感染并发脓肿，就必须采用手术的方式切开排脓，然后选择一些活血生肌消炎的药物促进恢复，尽量减少生冷辛辣食物的接触，手术的费用在2千-3千左右，具体价格根据当地收费标准。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
中医治疗分为内治法和外治法。内治法需内服清热解毒，或者是益气、透脓、活血祛瘀等药物。外治法有外敷法和熏洗法。外敷法可以外敷清热解毒，活血祛瘀的药物。熏洗法可用中药坐浴。