肛瘘临床症状主要是表现肛旁肿痛伴间歇性流脓。可出现肛门潮湿，严重时会出现肛门瘙痒，挤压外口，有脓性分泌物溢出，可扪及一条索状管道通向肛门。肛瘘是由于肛管或直肠与肛门因病理原因导致相同的一种异常管道。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
可以观察脓液的多少，脓液减少，周围红肿减少，说明肛瘘在渐渐变好。多注意宝宝肛门出的干燥，清爽。尽量少的接触不干净的东西。少吃油腻饮食，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。