肛周脓肿是一种容易复发的疾病。一旦复发，可看情况继续保守治疗或手术切开以诱发脓液。如果脓肿相对较大且感觉波动，建议切开并排出脓。必须注意清理它。脓腔相对较深。如果脓肿较大，应做好引流，肛门应保持清洁干燥。
小孩肛周脓肿，随着自身免疫力的增高，以及母乳喂养，在炎症早期得到有效的控制，自行用药物保守治疗，脓肿消退后，有可能后期不再发生。随着年龄增加，雄性激素水平下降，肛窦活动渐渐变少，外加大便顺畅，有可能再也不发生肛周脓肿或者肛瘘。
小孩肛周脓肿建议及时就诊，通过抗感染进行治疗。
小孩的肛周脓肿如果发病时间比较短，还没有形成明确的脓腔，这种情况下一定要积极的就诊，通过抗感染治疗，因为小孩一般不使用药物治疗，所以建议静脉输注抗生素，或肛周脓肿表面涂抹抗生素。如果小孩的肛周脓肿已经明确形成脓腔，建议积极的手术治疗。一般可以做肛周脓肿切开引流术。
肛周脓肿这种疾病也很容易反复的迁延不愈，出现复发，也可以再次选择手术治疗，应该进行定位并且选择局部的切开。手术当中也要详细的探查，很多是开口于肛窦，必要时也可以进行切开，但是要注意避免损伤肛门的括约肌以及肛管的直肠环，以免导致手术以后出现排便功能的异常。
肛周脓肿是因直肠炎症等蔓延到周围形成是一个浓腔，脓液较少时可以通过大剂量的消炎药治疗，但脓液较多时应该要切开引流，并且要大剂量，长时间用消炎药治疗（一般7-10天）。肛周脓肿如果不及时处理，浓腔破溃后就发展形成肛瘘，肛瘘治疗就相对复杂了，所以建议在医生的指导下消炎治疗，如果浓液太多没法控制，要尽快切开引流。