先天性肛门闭锁主要的原因就是胚胎发育的时候出现的发育异常引起的，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。手术后通过静脉营养恢复肠道功能，给予肠内营养，预防感染。
先天性肛门闭锁是比较常见的先天性消化道畸形，出生后无胎粪排出，一把需要手术治疗。手术方式可根据具体情况而定，手术需及早进行，可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。缺点为术后可发生大便失禁；
可采用高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。或腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形等，根据类型选择不同的手术方法。
根据各种不同的类型和合并瘘管的情况而定，采用不同的手术，一般采用骶会阴肛门成形，会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。手术后给予肠内营养，预防感染。
一经诊断，根据情况选择行手术治疗。如会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。因为孩子的年龄比较小，所以在手术之前一定要做详细的检查。