形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。
肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
肛周脓肿会引起睾丸疼痛的，是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，疼痛可能还是炎症刺激造成的，也有可能脓肿在会阴处，所以疼痛会严重，去医院检查，抗感染治疗。
肛周脓肿这种病是一种发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性的疾病，属于细菌感染，是肛瘘的前身。本病与肛瘘是肛肠三大疾病之一，发病率约为2%，占肛肠疾病的8%～25%。多见于20～40岁的男性，男性发病率是女性的3～4倍，小儿发病率也相对较高。