肛周脓肿属于肠道内细菌感染，肠道内细菌感染是其主要的致病因素。肛窦是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。肛腺是感染的途径，肛腺先发生感染，然后蔓延，肛周间隙是最终的发病部位。肠道内的细菌进入肛窦，使其发炎，堵塞肛腺开口，导致肛腺液体流出受阻，引起肛腺感染，感染又通过肌间隙。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿是由于肛腺感染引起的，由于肛窦开口向上，像口袋一样，可以存留粪便，容易引起肛窦发炎，感染蔓延至肛腺后导致括约肌的肌间感染，从而引起各种类型的肛周脓肿。需要到医院就诊。
肛周脓肿形成的原因多数是由于肛窦炎感染未得到及时控制，而波及到肛门直肠周围软组织，从而形成局限性脓肿。肛窦一旦感染后，会引起肛门腺感染化脓，炎症向肛周间隙内扩散形成肛周脓肿。
婴儿肛周脓肿可能是激素水平过高、肛门腺体数量较多、肛窦炎等原因引起的。
1.激素水平过高：婴儿患肛周脓肿的高峰期是出生后1-2个月，男宝宝患肛周脓肿的概率更高，出生3个月内的男宝宝睾酮水平较高。
2.肛门腺体数量较多：肛门腺体可分泌粘液，润滑直肠。孕期母体内雌激素水平升高，可使婴儿肛门腺体数量增多，大便次数较多。排便时细菌性稀便进入腺体，可引起感染，出现肛周脓肿。
3.肛窦炎：患儿肛门括约肌收缩时，体内炎性分泌物排泄受到影响，扩散至直肠、肛门周围时，就可能形成肛周脓肿。
