肛周脓肿治疗后有的还会发复，如果反复复发，不排除有肛瘘的可能。有的是这处肛周脓肿愈合，而其他部位再发的可能，这都是有可能的。手术后要做好护理，平时避免辛辣食物，避免久坐，避免便秘。注意肛门清洁。应用消炎洗剂清洗后，定期对医院肛肠手术进行消毒伤口，减少肛瘘的发生。
临床上针对肛周脓肿的人，需要术前完善检查，争取明确病因及肛瘘窦道位置，争取一次性行肛瘘手术，这就是所谓的肛周脓肿治疗术。若单纯行肛周脓肿切开引流手术，最终将形成肛瘘，仍需要二次手术治疗的，给病人造成了痛苦和增加费用。
肛周脓肿一次治好后复发的可能性几乎为零，但可能性取决于平时对于肛门的护理程度，有些人一次性治好之后，就感觉平安无事了，于是根本不管肛门，肛门复发的可能性就特别高，所以平时注意应该适当调理大便、清洁肛门，这样肛门复发的可能性几乎为零。
肛瘘大多是由于肛周脓肿所引起的，肛周脓肿形成脓液后需及时进行切开引流换药治疗，肛周脓肿术后并不能完全排除继发肛瘘的可能，但并非所有肛周脓肿都会引起肛瘘。肛瘘也是需要进行手术治疗的，现在主要是进行换药治疗，去除脓性分泌物，以及应用抗生素药物，忌酒辛辣食物。
在肛周脓肿做一次性治疗以后，术后的伤口大概得4-6周的时间进行愈合，有些病人的病情更为复杂的，所以可能时间会更长，比如脓肿深、范围大、高位脓肿、复杂性脓肿等这些疾病的愈合时间就要延长了。
肛周脓肿，在未化脓时可以用一些消炎药治疗，保守治疗可用抗生素抗感染，主要是用一些相关药物等。但如果化脓需要及时切开引流。平时尽量少坐，多喝水，多吃高纤维素的食物，比如香蕉，韭菜，芹菜等。