肛瘘的主要临床治疗是手术。可以采用挂线疗法或瘘管切开术和瘘管切除术。术后应注意保持排便通畅，防止便秘。应该吃新鲜蔬菜和水果，而不是太辣太油腻的食物，并且需要更多的锻炼来提高身体的免疫力。
肛瘘手术之后，需要注意肛门周围的卫生，会经常有分泌物，注意不要便秘，不要闹肚子，饮食清淡一些，避免胃肠负担大形成便秘，也不要吃刺激性食物避免导致拉肚子，大便之后用湿巾擦一擦。
应保持肛门部清洁，久坐后应间断站起来走走，要保持大便通畅。平时饮食要清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，不要酗酒，熬夜和抽烟。避免粗糙干硬的粪便对伤口的刺激，减轻疼痛可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如吃一些紫菜、海带等。
肛瘘术后可能发生尿潴留，要锻炼排尿功能。手术后要每天换药，按时拆线，保持伤口清洁，避免伤口周围积脓影响恢复，导致伤口感染，不能愈合。尽量每天清洗肛门，更换内裤。手术之后要少活动，多休息。
做了肛瘘术后一定要注意及时清洁，防止分泌物长时间刺激肛周皮肤引起感染，避免肛瘘复发。饮食方面最主要的应该保持清淡，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便通畅，大便以后可以使用溶液清洗。参加多种体育活动能够增强机体的抗病能力，减少疾病发生的可能。
一般采取侧卧方式进行卧床休息，减少对切口的压力及挤压造成出血。卧床休息时间取决于伤口的恢复程度。合理的膳食安排术后一般以清淡饮食为主在术后的一个月内尽量避免食用辛辣刺激之品，以免刺激切口造成炎症反应。也要注意确保事物的干净卫生，避免因是要不洁的食物而造成腹泻，从而导致切口感染。