肛瘘手术是将瘘管切开，形成敞开的创面，但随着伤口逐渐愈合，到中后期，疼痛症状就会逐渐减轻，绝大多数病人都可以配合医生完成治疗，除非极少数对疼痛耐受力太差或者心理非常脆弱的人。术后需要遵医嘱定期复诊换药，促进伤口愈合。在换药的过程中，病人会自觉有明显疼痛，但大都可以忍受，必要时可以遵医嘱使用止痛药物减轻症状。
低位简单肛瘘痛苦。可以小手术治疗的，不用过多担心。在术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性食物，以免不利于炎症的修复的，具体的要遵当地的医嘱。
—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，并可伴发热，畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
肛瘘手术过程不是很痛苦的，肛痿手术是不会叫患者感觉到特别痛苦的，因为手术过程中有麻醉药的效果而避免各种疼痛，虽然术后也是需要认真调理一段时间，也会有一些疼痛出现。
低位复杂肛瘘手术在手术过程中，需要提前进行麻醉处理，基本上不会感觉到任何的痛苦，但是在手术之前需要配合医生进行肠镜检查，这时候会感觉到一些痛苦，手术之后前三天基本上是最难受的时候，必要的时候可以口服一些止痛的药物，随后症状就会慢慢改善的。