复杂性肛瘘是指有两个以上瘘管，临床依据其有两个以上外口，或瘘管较长并弯曲的肛瘘。此病的治疗，一旦发现，还是需要进行手术治疗的。此病一般不会发展为癌症的，但是一旦出现还是会出现肛门流脓，疼痛，肛门周围瘙痒感，肛门处疤痕形成，影响排便等。应及时的进行手术治疗。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
肛瘘通常是因为肛门发生感染以后向外溃破形成一种管道，肛门直肠周围的软组织感染化脓后向外溃破，或被人为切开后形成的管道，通常称之为肛瘘，这种也叫高位复杂性肛瘘。是肛肠外科的一种疑难病，需要引起高度的重视。
复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前倾向于将瘘管全部切除，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。认为高位复杂性肛瘘是难治性病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支。常见高位复杂性肛瘘主要包括外口、内口，甚至可达到骨盆直肠窝。