肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
肛周囊肿多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门或侧方皮下部，一般不太宜吃清淡并含有较多纤维素的食品。宜吃蔬菜、水果、豆类等含维生素和纤维素较多的饮食。
肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
肛周囊肿是一种很常见的肛肠科疾病，在囊肿形成的早期，病者可以采用抗感染治疗，比如可以使用抗生素，热水坐浴、理疗等治疗，同时病者也要预防其它肛肠疾病，比如肛窦炎肛裂，痔疮等，在饮食上要多注意吃一些清淡易消化的食物，防止便秘。
肛周囊肿引起细菌感染并发脓肿，就必须采用手术的方式切开排脓，然后选择一些活血生肌消炎的药物促进恢复，尽量减少生冷辛辣食物的接触，手术的费用在2千-3千左右，具体价格根据当地收费标准。