肛瘘由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。肛瘘的治疗原则是手术为主，只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。
肛瘘的常见因素：肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因；直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿；肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
四种。肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。肛管括约肌上型，为高位肛瘘，较为少见，瘘管在括约肌间向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨直肠间隙穿透肛周皮肤。
低位肛瘘又分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。高位肛瘘分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。单纯性肛瘘就是一根瘘管，复杂性肛瘘就是有两根或两根以上的瘘管。
按瘘管与括约肌的关系分为肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。肛管括约肌外型，瘘管自会阴部皮肤向上经坐骨直肠间隙和肛提肌，然后穿入盆腔或直肠。