肛瘘早期症状有以下几点：疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
肛瘘这种疾病的症状也是非常明显的，在发现之后要及时的治疗。可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。宜食富含纤维素的食物，忌食辛辣、油炸食品，保持排便通畅。
肛瘘的主要表现是肛门周围的外瘘口会有少量脓性分泌物排出。刺激周围的皮肤，引起瘙痒等不适。当外口堵塞或假性愈合时，瘘管内脓液不能排出而形成脓肿，表现出直肠肛管周同脓肿的症状，这种引流不畅形成的脓肿往往反复发作，是肛瘘临床表现中的主要症状。
肛瘘手术做完和之前是没有任何差别的。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。中医称为肛漏。典型的肛瘘就是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。非典型肛瘘一般只有内口而没有外口，或虽有内口又有外口，但中间瘘管闭塞，或只有外口，内口找不到，或干脆就只有一硬结。
婴儿肛瘘可以先切开排脓，也可以做一次的切除的手术。婴儿肛瘘的发病率较高，常见于男孩，部分患儿随生长发育可自行愈合，一般不主张及时做手术。应对症处理，每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。
肛瘘复发症状很容易出现复发，会表现为肛门分泌物的增加，或者是手术以后的伤口不愈合，主要是在肛周会表现为瘘口，有脓血性的分泌物，也会伴有异味。病人在进辛辣食物、排便的时候，也会表现为肛周疼痛的症状。