肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常被称为肛瘘。肛瘘按瘘管位置高低可分为低位肛瘘和高位肛瘘；按瘘管与括约肌的关系可分为肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型和肛管括约肌外型。
按瘘管与括约肌的关系分为四大类。肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。肛管括约肌间型，瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。
低位单纯性肛瘘，只有一个瘘管，并通过外括约肛深部以下，内口在肛窦。低位复杂性肛瘘：瘘管在外约肌深部以下，外口和瘘道有两个以上者，内口在肛窦。高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦。高位复杂性肛瘘：有两个以上外口，瘘管有分支，其主道通过外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。
两种。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。一旦确诊肛瘘，须尽快手术治疗。
四种。肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。肛管括约肌上型，为高位肛瘘，较为少见，瘘管在括约肌间向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨直肠间隙穿透肛周皮肤。