检查肛瘘要用肛镜检查，直视下看到齿线全部，内口常在红肿发炎的肛瘘，有分泌物，对可疑的肛隐窝可用银质园头探针探入，还可以探针检查，先于肛门内插手指，用银质园头探针，由外口沿管道向肠腔方向轻轻探入，完全性肛瘘，肠腔内手指在齿线附近可摸到探针确定内口，探时切忌盲目用力，免成假道，使感染扩散。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。
检查时在肛周皮肤上可见到单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压时有脓液或脓血性分泌物排出。外口的数目及与肛门的位置关系对诊断肛瘘很有帮助：外口数目越多，距离肛缘越远，肛瘘越复杂。其他检查应在专业医生操作下进行，包括肛诊、内镜检查、B超检查、磁共振检查等。