主要是以手术为主，而且根据肛瘘的类型，其治疗方法也是不一样的。比如低位单纯性肛瘘，主要是采取肛瘘切除手术，术后配合溶液坐浴以及红油膏纱条进行换药治疗。如果高位复杂性肛瘘，那么就需要采取挂线疗法、电刀等方式治疗，以免在手术过程中损伤肛管直肠环，进而诱发肛门失禁。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘的治疗药物效果不是很明显，所以还是要采取手术治疗，肛瘘是发生于肛门附近及直肠下部的瘘管。肛瘘一般由内口、外口和瘘管三部分组成。内口多数在肛管齿线附近的肛窦内。外口在肛门周围皮肤上，有时不止一个。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。