不同地区不同医院，收费的价格是不等的，肛瘘手术的费用，多和肛瘘的严重程度和手术所在的医院级别有很大的关系。单纯肛瘘，在医院手术费用大概在5000-6000.复杂性肛瘘或者高位肛瘘，在医院手术费用大概在7000-1000.
肛瘘的手术价格要根据肛瘘复杂程度，高位肛瘘还是低位肛瘘来确定，费用在4000元-20000万左右。
对于低肛瘘，如果患者选择门诊手术和局部麻醉，费用要低得多，如果是单纯的肛瘘，二级医院的手术费用约4000元，三级医院的手术费用约为8000元。如果是复杂的肛瘘，二级医院的费用在6000元以上，三级医院的费用在10000元以上。如果是高复杂性肛瘘，费用会更高，可能在2万元左右。包括术前相关检查费用、手术费用、床位费用、护理费用、换药费用等。
对肛瘘疾病进行微创手术操作，费用会相对比较高一些，大概是6千元-8千元不等。这是因为肛瘘微创手术操作，对患者肛门部位的创伤性比较小，伤口容易愈合，愈合时间也较短，但是手术操作难度相对大一些，所以费用会增高。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
每个地方的收费都是不一样的，大概在5千元左右，肛瘘病人在手术初期，宜食少渣柔软易消化的食物，一方面术后消耗较大，卧床时间长，消化功能减退，应尽可能减轻消化道的负担；另一方面避免粗糙干硬的粪便对术后伤口的刺激，减轻疼痛。