药物治疗和手术治疗，但是药物治疗只能缓解症状，手术治疗才能治得好肛周脓肿。很多发病后都寄希望于通过药物进行治疗。肛周脓肿药物治疗其实是一种误区，肛周脓肿用什么药都无法治好，只能缓解。很多由于害怕手术的疼痛，往往选择药物保守治疗肛周脓肿，结果却容易越治越重，越治越“漏”，本来只有一个瘘口却变成了两个三个乃至更多的瘘口，得不偿失。
表浅脓肿可选择口服抗生素。对范围相对大的脓肿需联合用药，抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，待瘘管形成，内口明确，再行手术。为进一步减少手术创伤，可用双向等压引流手术治疗，术中用半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环。
肛周脓肿的治疗方法就是手术治疗，这是快速痊愈的直接办法，平时主要不要熬夜上火，保持大便通畅，多吃清淡易消化的食物；多吃富含优质蛋白的食物。不要吃辛辣煎炸油腻饮食。
首先要进行抗生素抗感染治疗，多选用对细菌有效的抗生素，进行抗感染治疗。还可以进行温水坐浴、局部理疗，可以缓解疼痛。饮食方面需要注意，多吃水果、蔬菜，可以减轻排便时候的疼痛感。
囊肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。囊肿形成时，即应手术引流。囊肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。在囊肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。
具体的发生原因和肛周的反复感染，慢性的炎性刺激有关，因为有一部分病人也可以是肛周皮下的皮脂腺囊肿。如果囊肿的病变比较大，可能在一定程度上影响到了病人的排便功能，并且表现为局部的疼痛，排便时明显。最有效的治疗办法是进行手术，可以选择在局部麻醉下将病变切除，手术当中应该选择肛周的放射状的切口，以免术后形成瘢痕。