肛周脓肿多为肛周皮脂腺阻塞，分泌的皮脂物结而成，并由肿痛继发感染所致。肛周化脓性感染也是肛周脓肿的形成原因。肛肠病手术后感染。还有外痔炎症，主要因为患外痔后末及时治疗又末注意适当休息，患处摩擦刺激后引起感染、疼痛、流脓水等导致的肛周脓肿。
可能是因为操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
肛周脓肿可能是痔疮引起的，或者是经常便秘，也有可能是由于长时间的一些压迫或者是由于长时间饮食不规律上火等因素，都会造成肛周脓肿的发生，可以适当的进行一些调整和治疗，防止加重。
形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。
感染性因素：现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。内痔插枯痔丁或注射疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。如果已经有脓液形成，就应该及时切开引流治疗。要生活规律，注意休息，清淡饮食，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，不要挤压肿块。
肛周脓肿通常是由于肛道炎或者是肛周卫生不够或者是全身免疫力抵抗力下降导致的，注意饮食清淡，忌辛辣刺激性的食物，注意肛门周围卫生。注意此处的清洁卫生，可以输液消炎控制炎症以免加重病情，以免需要手术治疗。