在肛周脓肿的早期还没有形成的时候，可以使用抗生素治疗，可以使用有效的药物涂抹。物理疗法可以进行温水坐浴，促进局部血液循环，平时要预防便秘，减轻排便时候的疼痛。如果脓肿一旦形成，就要及时进行切开引流，临床上很多脓肿切开之后容易形成肛瘘，有些常常选用挂线疗法。
脓肿一旦确诊，多需手术切开引流。如感染未形成脓肿时，可采用非手术治疗：应用抗菌药物，根据病情选用1～2种抗生素或中药方剂口服以清热解毒，排脓止痛；中药熏洗、坐浴；以减轻病人排便时疼痛等。
治疗没有太多选择，治疗的方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得治疗。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数病患因感染过重，可造成死亡。
肛周脓肿办法就是切开引流，打针或者吃药抗感染等待脓液流干净后就能愈合好了。肛周脓肿需要忌辛辣刺激食物，饮食清淡避免便秘，注意肛门清洁卫生，应用一些药物治疗，必要时医院肛肠科检查手术治疗。
肛周脓肿早期治疗方案是吃消炎药物，另外涂抹软膏，严重的就需要手术。大部分肛周脓肿由肛窦发炎引起，然后在形成脓肿。很多体表彩超照不出内口，由于相通所以口服消炎药只是控制症状，其实没有完全好的等那天吃了辛辣刺激食物或抵抗力地下又可能再次复发，那时候会加重病情。
早期肛周脓肿可以做局部的穿刺，如果有脓液，说明已经形成了肛周脓肿，须手术切开排脓引流，积极控制感染，阻止脓肿向深部组织蔓延和扩散。如果还没有脓液，可输液抗炎治疗。