在未化脓时可以用一些消炎药治疗，如果化脓需要及时切开引流。平时尽量少坐，多喝水，多吃高纤维素的食物，比如香蕉，韭菜，芹菜等．肛周脓肿如果没有得到有效的控制就是肛瘘。如果肛周脓肿的脓包不大，己的皮肤能代谢下去，一般不会发展成肛瘘。如果肛周脓肿包很大，而且出脓头，破脓了，肛瘘只有开刀了。
肛周脓肿的人很可能复发。对于复发，应根据病情再次选择药物治疗或手术。外科治疗是目前最有效的治疗方法，可以达到快速治疗的效果。如果有手术禁忌症，也可以服用一些专业药物进行治疗。
肛周脓肿是肛肠科中较为常见的一种急重症，需及时治疗，常见的类型有单纯性肛周脓肿和脓腔与肛瘘相通的脓肿。针对不同的肛周脓肿需要采取不同的治疗方法，另外还需要提醒病人朋友，在日常饮食中一定要不要吸烟喝酒，少食用辛辣的食物。以清淡为主，多喝水，养成定期排便的习惯。
肛周脓肿这种疾病也很容易反复的迁延不愈，出现复发，也可以再次选择手术治疗，应该进行定位并且选择局部的切开。手术当中也要详细的探查，很多是开口于肛窦，必要时也可以进行切开，但是要注意避免损伤肛门的括约肌以及肛管的直肠环，以免导致手术以后出现排便功能的异常。
肛周脓肿复发的原因有以下几点：肛周脓肿手术后，未能及时处理继发形成的肛瘘，肛瘘外口堵塞后容易造成肛周脓肿复发。虽然肛瘘已经通过二次手术，但因为复杂性肛瘘存在着没有处理的内口，也容易引起肛周脓肿的复发。本身的抵抗力比较低，比如存在着肝硬化，糖尿病，免疫抑制等合并症。