做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
相比较来说，胃镜的刺激比肠镜要稍微大一点。
胃镜和肠镜都是临床上常用的消化道内窥镜检查，胃镜检查通过下咽和食管进入胃，观察食管和胃的粘膜，是否有糜烂、胃炎、穿孔和梗阻，肠镜检查是通过肛门将一面镜子放入肠内，观察肠的粘膜，由于人体咽喉和胃的肌肉对刺激反应强烈，粘膜中的神经比肠中的丰富，所以胃镜的刺激大于肠镜。但大多数刺激都在可忍受的范围内，疼痛感较少，只是照的时候不能说话。
但肠镜的前期准备工作比胃镜难受很多，因为做肠镜需要喝泻药，不停地拉肚子直到拉水位置，到了照的时候由肛门进入也是比较难受的。
肠镜跟胃镜相比难受的状况还是要看个人的耐受程度，一般肠镜前期准备工作难受点，一开始就要喝泻药然后不停的拉肚子，直接拉水状为止。检查过程中管子由肛门进入检查。而胃镜的前期准备无痛苦，但是检查时管子由口里进入，主要是恶心的难受而不是痛。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。
