复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
高位复杂性肛瘘的发病原因：约90%的肛瘘属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起；还可能有一些特异性原因的肛瘘；外在性的因素，比如痔疮，肛裂，跌伤，感染性病等；手术方面的因素。
高位复杂肛瘘复发的原因主要是由于治疗不及时，内口没有确切的愈合，或者是继发的残腔的形成，所以对于高位复杂肛瘘这种疾病应该早期进行治疗。因为肛瘘属于肛周的一种慢性感染，在手术当中应该详细的进行探查，确切的找到内口，在每次换药的时候也应该确切的清除内口表面的分泌物，避免形成残腔，并且要让深部组织逐渐的愈合，必要时还需要采取挂线疗法。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
肛瘘不能自己愈合。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应结合内口位置的高低、瘘管和肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽最大可能减少肛门括约肌的损伤，避免肛门失禁，同时避免瘘的复发。