肛周脓肿早期可以用消炎药等脓肿形成后就需要手术引流加上应用抗生素，否则脓肿迟早会自行破溃，相当手术切开引流，病情会延长，或者炎症扩散，如果是脓肿，手术治疗比较好。
婴儿肛周脓肿其实是小儿肛周脓肿的一种。肛周脓肿是一种常见的病症，小儿肛周脓肿的发病率也在不断增加，原因是由于婴幼儿饮食不合理，或者是长期腹泻所致。肛周脓肿是一种炎症性炎症，病情发展的很快，如果不及时处理的话，脓腔就会迅速扩张，从而导致病情的恶化。
对于婴幼儿的肛周脓肿，一般有两种方法，一种是消炎，使用消炎药物，可以控制脓腔的面积，从而控制炎症。第二种，就是直接做外科手术，先把脓水剖开，再修剪一下，把感染的坏死组织去掉，等恢复了正常的组织。
小儿肛周脓疡并没有最好的处理方法，只能选择对其进行最好的处理，通常采用的是保守疗法，外科治疗。
非手术疗法
1、婴儿的肛周脓肿的情况比较轻，可以使用外敷的药物，例如外敷的红霉素。2、用热水来进行坐浴，尤其是在大便之后要用清水清洗，可以通过热水坐浴来加快局部的血液流通，也可以到正规的医院进行物理理疗。
2、外科疗法
如果小儿的肠管出现了严重的脓疡，应立即进行开腹引流，以免发展为肛漏。术后要注意使用抗生素，同时要注意肛周的卫生。
对于肛周脓肿治疗方式还是手术的，药膏对于一些脓肿也是有作用的，作用的机理就是通过药膏的腐蚀作用，使脓肿表面皮肤破溃，脓肿内部的脓液流出，达到治疗的目的。这个对于一些较大的脓肿效果可能不是太好。可以考虑手术。
对于肛周脓肿的治疗，目前最主要的是切开引流，让脓液充分的引出，同时辅助使用抗生素，症状比较轻的可以口服，症状比较重的需要输注进行治疗。在引流的同时，可以局部涂抹抗菌的药物，这样对肛周脓肿的治疗有很大的帮助。