如果任其发展，最终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口，如此反复发作，经久不愈。及时到当地的正规公立医院肛肠科确诊，以免延误病情而贻误治疗时机。
肛周脓肿如果不治：可使低位脓肿感染加重、蔓延扩散，转化成高位脓肿；可造成脓肿范围的扩大、部位增多，造成更大的痛苦，给以后治疗造成更大的难度；治疗不及时或治疗不恰当易形成肛瘘，带来再次手术的痛苦。
肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿可以考虑手术治疗，如果不积极治疗，肛周脓肿破溃后会形成肛瘘。确诊肛周脓肿后，积极手术治疗，需要应用抗生素药物，手术后积极的换药，大部分都效果不错。另外要注意保持肛门清洁。