肛瘘最主要的治疗办法是进行手术，由于属于一种慢性感染性疾病，治疗周期比较长，很容易出现复发，通常是由于急性肛周脓肿，没有得到及时或者有效的治疗转变而来的，也有一些是患有肠道的慢性炎症性疾病，出现了肛周的反复的瘘口，手术以后，换药也非常关键，注意局部卫生，坚持坐浴。
首先一定要多注意休息，避免过度劳累，尽量多卧床休息，定期的到医院复诊复查，给予相应的处置。同时一定要注意自己的饮食，不要吃辛辣刺激的食物，不要吃油腻大的食物，多吃青菜水果类食物，一定要保证大便通畅，每日药物坐浴。
肛瘘的根治术指的是找到肛瘘的内口，将瘘管全部切开，根据瘘管与肛门括约肌的关系，肛瘘可以分为高位肛瘘和低位肛瘘两种，如果是高位肛瘘，一般主张采取肛瘘挂线疗法，而低位肛瘘可以采取瘘管切除手术。清淡饮食避免油腻或刺激性的食物，粗纤维饮食预防大便干结；定期排便术后正常进食，养成正常排便习惯预防大便干结。
存在肛瘘这种疾病，尽快的早期手术。肛瘘可以大致分为两种，一种是低位的简单肛瘘，这种肛瘘可以通过手术直接把瘘道切开，然后处理内口，伤口愈合彻底，这种病就可以彻底的治疗好。
肛瘘一般需要手术治疗，而且越早越好。不手术治疗肛瘘一般需要手术治疗。效果不稳定，如过食辛辣厚味，或受凉拉肚子，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口较坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。