肛周脓肿应及早就医。手术治疗是手术治疗的最主要的方法，主要采用抽脓减压、切开排脓的治疗方法，根据不同位置的肛周脓肿，采用不同的手术方式：低位脓肿－直接切开；马蹄脓肿－切开加旷置；高位脓肿－挂线术；高位脓肿-等压引流术。
肛周脓肿，如果已经确诊，那就不能保守治疗，此病会影响排便功能。应该到公立医院肛肠科手术的方式治疗，注意休息，勤冲凉凉，勤换干净的内裤，多饮水、每天补充2000ml左右，养成良好的生活饮食习惯，不吃口味较辣燥火食物，多吃富含粗纤维食物。保持大便软化通畅。
如果孩子肛周脓肿还没有好完全，暂时不能接种疫苗，以免加重感染或引起并发症影响孩子健康。注意孩子肛周卫生，按时清洗或消毒涂药，尽快控制感染。接种疫苗必须在孩子身体处于好状态时进行，有利于提高疫苗的预防作用。
肛周脓肿化脓，可以考虑当地正规综合性医院肛肠外科检查情况，可以考虑穿刺抽吸脓液，或引流脓液，应用一些消炎药物治疗观察。要清淡饮食，避免油腻辛辣刺激性食物，戒除烟酒。
最近不要用纸擦屁股，每次大便完了用水冲洗，注意局部清洁，每次尿变不湿，必须给宝宝清洗臀部，必须保持大便通畅，护理时要轻拿轻放，尤其是清洁大便时，可以适当的涂抹一些药物。
肛周脓肿保守治疗通常只是适合肛周脓肿的初期。肛周脓肿成熟了，那么就不能保守治疗，是需要手术治疗。如果肛门感觉疼痛加剧，红肿发热，这些症状是属于肛周脓肿的初期。对于肛周脓肿初期是可以先用抗生素软膏外涂，然后全身静脉使用抗生素来治疗。