内口的处理可以每天按压肛门挤出里面的脓水，别让脓水聚在里面，可以口服抗炎药物治疗，每天在指导下可以坐浴治疗，让内口慢慢长好，不要吃辛辣刺激的食物。平时注意饮食，注意自身的营养均衡。
肛瘘手术常用的治疗方法是挂线治疗，大致的方法是沿着路管植入一根丝线，通过收紧丝线的方法，使得瘘管被破坏了。平时注意保持局部的清洁卫生，保持大便通畅，排便后及时清洗肛门。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
肛瘘内口的治疗是治疗的关键，手术肛瘘，如果没有发现内口或处理不当，瘘管不能完全治愈，即使伤口暂时愈合，由于内口仍然存在，感染后会复发，再次形成肛瘘。所以在手术之前一定要仔细检查肛瘘内口，必要时需要做肛周磁共振明确内口。
肛瘘是指连接肛管和肛门周围皮肤的感染性管道。它的内口常位于齿状线附近，外口位于肛门周围的皮肤上。瘘管多年未愈。肛瘘内口是最初感染产生肛瘘的入口，是发病的源头。所以肛瘘是有内口的，瘘口长期不能愈合，充分证明了病变内口的存在。
